北交所拥有适配中小创新企业的全套差异化交易制度，整体以竞价交易为核心，搭配特殊涨跌幅、申报规则、大宗交易、盘后交易与T+1交割体系，和沪深主板、创业板存在明显区别，整套规则兼顾流动性与价格稳定，适配中小企业股价波动偏大的特点。这套制度划分成交易时段、价格管控、申报委托、大额交易四大核心板块，普通投资者和机构资金分别对应不同交易路径，也是参与北交所投资必须吃透的基础规则。
北交所固定交易日为周一至周五，法定节假日休市，每日细分多段竞价时间，9:15至9:25是开盘集合竞价，确定当日开盘价，9:30到11:30、13:00至14:57为连续竞价自由成交时段，14:57至15:00收盘集合竞价敲定收盘价。常规个股日常涨跌幅限制为30%，风险警示股沿用同样幅度，不会收紧限制；新股上市首日、退市整理首日无涨跌幅约束，同时设置两级临时停牌，股价相对开盘价涨跌触及30%、60%均临时停盘10分钟，停牌阶段可正常挂单撤单。连续竞价还有价格笼子保护，限价申报不能偏离基准价上下5%，市价申报附带保护限价，避免瞬时行情异动造成高价错单。
北交所设置了适配小额灵活交易的数量规则，所有竞价交易最低申报100股，后续可以1股递增，单笔申报上限100万股，持仓剩余不足100股的零碎股份需要一次性全部卖出，报价最小变动单位统一为0.01元。交割执行A股通用的T+1制度，当日买入的股票下个交易日才能卖出，当天卖出回笼的资金当日可用于新开仓，下一个交易日才能提现转出。2026年新增盘后固定价格交易，每日9:15至15:30可提交申报，15:05至15:30集中按照当日收盘价撮合，时间优先成交，给没时间盯盘的投资者增加了尾盘交易渠道。
除此之外，制度预留了做市交易的落地空间，未来可采用竞价加做市商的混合模式提升冷门个股流动性。同时搭配完整的异常交易监管，多日涨跌幅偏离超标会触发异常波动公示，叠加停牌、监管问询等管控手段，平衡交易活跃度与市场合规性。合格投资者门槛也和交易制度绑定，只有满足资产与交易经验要求才能开通权限，从源头匹配北交所高波动的制度属性。
