北交所和沪深交易所的区别是显著且多维度的，这直接体现了中国多层次资本市场体系的错位发展和互补性定位。作为服务于创新型中小企业的专属平台，北交所与定位于服务成熟大中型企业的沪深交易所，在核心职能、服务对象和市场生态上存在根本差异。这种差异并非简单的规模大小之分，而是国家层面为不同发展阶段、不同特点企业构建的精准融资通道，三者共同构成了覆盖企业全生命周期的资本市场服务体系。其区别不仅大，而且是制度设计上的必然和必需。
区别就非常明确。北交所的核心使命是聚焦于更早、更小、更新的创新型中小企业，特别是专精特新企业，为它们提供进入资本市场的首发站。相对而言，沪深交易所则主要服务于已具备相当规模和稳定业绩基础的企业群体，其中上海证券交易所的主板侧重大型企业尤其是国企央企，深圳证券交易所的主板和创业板则覆盖了成熟的民营龙头企业及创新成长型企业。这种定位上的分工，使得北交所更像是一个专业的创新孵化器和苗圃，而沪深交易所则是培育参天大树的主森林。
不同的定位直接导致了上市标准与制度安排的显著区别。为了契合中小企业的发展特点，北交所在上市条件上体现了更大的包容性和灵活性，其市值和财务指标门槛相对宽松，支持更多有潜力但尚未盈利或规模较小的创新型企业上市融资。与此形成对比的是，沪深交易所尤其是主板，对企业的盈利规模、市值和经营稳定性有着更为严格和高的要求。一个关键的制度联系在于，北交所的上市公司主要来源于全国中小企业股份转让系统的创新层，并与新三板形成了基础层-创新层-北交所层层递进的市场结构，内部转板机制紧密；而沪深交易所的上市公司来源更为广泛，与场外市场的转板联动关系在北交所设立前并不如此直接和制度化。
最直观的感受差异体现在交易规则与投资者门槛上。在交易机制方面，北交所为股票设定了更宽的日常价格波动空间，并为新股上市首日设置了独特的盘中临时停牌机制，这些规则适应中小企业股价可能波动较大的特性，同时给予市场充分的价格发现空间。在投资者准入方面，北交所设立了较高的资产和投资经验门槛，这使其投资者结构以机构投资者和具备较强风险承受能力的个人投资者为主。反观沪深交易所的主板市场，投资门槛很低，吸引了最为广泛的散户投资者参与，形成了以散户交易量为重要特征的市场生态。这种投资者结构的差异，也深刻影响了两类市场的投资风格和流动性特征。
进一步延伸到持续监管与市场退出环节，区别依旧存在。北交所针对中小企业的公司治理和信息披露特点，设计了更具针对性的持续监管制度。在退市制度上，北交所构建了涵盖多类指标的多元化退市体系，并且依托其与新三板一体发展的优势，建立了差异化的退市安排，部分退市公司可以退至新三板创新层或基础层继续交易，实现了风险的梯度释放。这与沪深交易所的退市路径和标准也有所不同，体现了对不同发展阶段企业差异化风险处置的考量。
